Junto con los cambios de agua, el sifonado de un acuario es la segunda pauta más importante a la hora de realizar el mantenimiento de un acuario.

El sifonado consiste en retirar la mayor cantidad posible de suciedad macroscópica presente en el acuario absorbiéndola, para ello se emplea un artefacto conocido como sifón, de hay la denominación del proceso.

Los sifones que encontramos en el comercio (a veces bajo el nombre de aspiradores), son aparatos de plástico que se pueden acoplar a un bomba de aire o de agua para conseguir que el agua circule por el interior del artefacto. De manera muy básica podemos decir que constan de un largo tubo que podemos llevar hasta el fondo para aspirar la suciedad, y que se comunica con una cámara en la que esta queda retenida antes de que el agua sea devuelta al acuario. Con un sifón se logra limpiar el acuario sin necesidad de extraer agua de el. Sin embargo, si somos un poco hábiles podemos ahorrarnos unas pesetillas fabricando nuestro propio aspirador, y tiempo si simultaneamos la labor de cambio de agua con el sifonado.
Lo más cómodo para extraer el agua de un acuario en los cambios, es utilizar un tubo de goma flexible de tipo manguera, que podemos encontrar en cualquier ferretería o tienda de bricolaje. Cuando vaciamos el agua de un acuario, esta es aspirada a través del tubo y enviada al lugar de desagüe (un lavabo, water, cubo...), el agua es aspirada desde el acuario, y por tanto, el efecto de aspiración que tan necesario nos resulta para un adecuado sifonado ya lo tenemos. ¿Cómo transformar nuestra simple manguera en un magnífico sifón? Nada más simple. Para que una manguera de cambio de agua pase a ser un sifón eficiente sólo es necesario que el extremo que se introduzca en el acuario este dotado de un dispositivo en forma de copa. Hay elementos que realizan muy bien esta función. La parte superior (la del tapón) de una botella de plástico que haya contenido agua mineral u otro elemento susceptible de ser consumido (por tanto atóxico) es uno de ellos. Nos bastará con recortar la parte de arriba de la botella, practicar un agujero en el tapón a través del cual pasaremos la manguera, y sellar el espacio que quedará entre la manguera y los bordes del agujero con silicona. Otro elemento que también suele ser útil, en especial para acuarios de pequeño volumen, son los pequeños cartucho de plástico en el que vienen los carretes de película fotográfica de 35 mm. El procedimiento es el mismo, agujero en la parte posterior del recipiente (esta vez podemos desechar la tapa) y sellado con silicona. Respecto a la manguera que empleemos, es preferible que sea de material trasparente, así, si se produce un atasco, nos será más fácil darnos cuenta de la obstrucción (la veremos) y resultará más simple desobstruir el tubo. La manguera deberá tener también una flexibilidad tal que nos permita desatascarla con cierta facilidad y manejarla de manera adecuada. Si es demasiado blanda, aunque será fácil desatascarla, nos resultara complejo orientarla hacia donde deseemos sifonar salvo que sostengamos el sifón desde abajo y metamos todo el brazo en el acuario. Si es excesivamente rígida, algún grano de grava que se atasque en su interior puede dar al traste con nuestro sifón para siempre.
Con respecto al diámetro de la manguera, cuanto mayor sea, más será la potencia de aspiración, y también más rápido extraeremos la cantidad de agua que queríamos cambiar, con lo que tendremos que darnos prisa si queremos una limpieza concienzuda y a fondo. Cuanto más grande sea el acuario, mayor podrá ser también el diámetro del tubo del sifón. En general, aún en tanques de reducido volumen hay que huir de aquellas mangueras de diámetro tan reducido que veamos nuestra labor constantemente entorpecida por obstrucciones. Como norma general, para acuarios de 80 a 120 l podemos emplear tubo de un diámetro algo mayor que la grava más gruesa que hayamos empleado (siempre y cuando no sean cantos rodados). Así si algún grano de arena acaba en la manguera, la atravesará sin mayores problemas.

Ya tenemos nuestro sifón casero, y ahora, ¿cómo usarlo?. El procedimiento es bastante simple, dirigiremos la copa del sifón a aquellos lugares del fondo en los que se acumulen una mayor cantidad de desechos.
Para facilitar el sifonado, se suele recomendar que la grava se disponga en pendiente desde el fondo y los dos laterales hacia el frontal y el centro del acuario, con este relieve, la mayoría de los detritos acabarán en la parte delantera del acuario, con lo que será más fácil retirarlos por sifonado. Podemos pensar que el acúmulo de desechos en el cristal frontal es bastante antiestético, pero la verdad es que en un acuario bien montado y con un mínimo de mantenimiento, esto no llega a ser ningún problema.