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A la hora de diseñar el alojamiento para nuestro cobaya, hay que tener en cuenta que estos animales son muy sensibles tanto a las corrientes como a la humedad. El someterles a estos agentes causará probablemente una deterioro en su salud. Es curioso saber que en países como Estados Unidos, Canadá o Gran Bretaña los conejillos de indias se han adaptado al clima templado, y algunos criadores les mantienen en recintos exteriores a lo largo de todo el año, incluso en invierno. No obstante estos animales no están especialmente adaptados para soportar las inclemencias meteorológicas invernales, por lo que es mejor limitar el uso de recintos exteriores a las épocas de mejor climatología.
Las dimensiones del alojamiento que habremos de proporcionarle a nuestro cobaya son directamente proporcionales al tiempo que podamos dedicarle. Los cobayas necesitan hacer ejercicio todos los días, si disponemos de tiempo los podemos tener sueltos para que hagan ejercicio durante un rato, pero requiere que supervisemos de manera directa estos periodos de libertad. Si no disponemos de ese tiempo, lo mejor es proporcionarles un alojamiento espacioso para que puedan ejercitarse sin necesidad de salir de la jaula.
Las jaulas de tipo cajón dan buenos resultados, también son válidas las jaulas de malla soldada.
La jaula constará pues de tres partes:

• Conejar o dormitorio: En el se encontrarán el nido del animal, el comedero y el bebedero. Sus dimensiones mínimas para un animal son de 62 cm. de longitud x 38 cm. de anchura x 31 cm. de altura. Constará de una puerta lo suficientemente amplia como para que se pueda introducir y sacar al animal sin problemas, estará separada de la zona adyacente por un tabique al que añadiremos una puerta.
• Zona de ejercicio: podremos ahorrárnosla si disponemos de tiempo para supervisar el ejercicio de nuestra mascota. En otro caso añadiremos una sección de 31 cm de longitud al conejar, de la misma anchura y altura que este. Se separará esta zona de las adyacentes mediante tabiques con puertas.
• Zona para las deposiciones: De 23 cm de longitud y las misma anchura y altura que las anteriores. Al igual que con las otras zonas hay que separarla de la sección adyacente (zona de ejercicio) mediante un tabique con puerta.

La zona de ejercicio será la sección central, mientras que el conejar y la zona para las deposiciones habrán de estar lo más alejadas posible (extremo y extremo).
Los comederos han de ser pesados y más anchos en la base, para que los animales no puedan volcarlos. Los bebederos que mejor funcionan son los de tipo botella.
Para el nido deberemos de proporcionar a nuestros animales abundante heno (es lo que más les gusta para construirlo). La zona para las deposiciones debería de contar con una bandeja bajo una rejilla, lo que facilitaría su limpieza. Como material para el suelo se puede usar papel de periódico cortado. La paja no sirve puesto que absorbe poco y tiene tallos afilados que pueden herir a los animales. De los inconvenientes del serrín y las virutas de madera ya hemos hablado. La arena suele manchar el pelaje de los animales y puede llegar a ser irritante.