A continuación presentamos las enfermedades más comunes del sistema urogenital de los cobayas:

• SACO PERINEAL
  Se presenta en ambos sexos, localizado ventral al ano y sobre la entrada de la vagina en las hembras. Contiene el smegma, resultado de la producción de las glándulas sebáceas perineales de la piel del saco. Normalmente la bolsa se llena de pelos, restos cutáneos y secreciones oleosas. Los cobayas no tienen glándulas anales verdaderas. La acumulación de material en este saco es signo de enfermedad sistémica pues el cobaya lo mantendría acicalado, pero esto no ocurre así cuando está debilitado o enfermo. También se observa acúmulo cuando se alimenta de dietas pobres en fibras que dan unas heces blandas que se acumulan ahí. Es frecuente en hipovitaminosis C y en la enfermedad renal. Cuando se inflama y ulcera por irritación crónica e infección superficial por culpa de la baja higiene normalmente es suficiente el tratamiento tópico.
• OBSTRUCCIÓN URETRAL
  Las dos causas más frecuentes de obstrucción uretral son la presencia de cálculo y las secreciones de las glándulas vesicales. La mayoría de cálculos en cobayas están formados por sales de calcio (carbonato cálcico) y en menor medida de magnesio y por tanto son radiopacos. Es posible que aparezcan en uréteres los cálculos (las ureterotomía es en parte poco viable pues se forman cicatrices postoperatorias).
• TOXEMIA DE LA GESTACIÓN
  Se produce durante los últimos 14 días de la gestación o durante los 4 primeros después del paro. Los animales desarrollan una cetosis y se encuentran deprimidos, con anorexia y muchas veces diarrea. Una vez se observan los síntomas la muerte está cercana. Parecen más sensibles los animales obesos, hay que minimizar el estrés en estados avanzados de gestación.
• PROLAPSO UTERINO
  Puede ocurrir después de un parto difícil. Es necesaria realizar la ovariohisterectomía, aunque primero se deberá estabilizar al paciente antes de anestesiarlo y proceder a la intervención.
• QUISTES OVÁRICOS Se producen cambios en el comportamiento sexual, se vuelven agresivas sexualmente hacia otras hembras e intentan montarlas. Puede aumentar de peso, pierden pelo y se altera la estructura de la piel. Mediante una ecografía se pueden diagnosticar en abdomen craneal. Esta sintomatología es debida al aumento en la producción de estrógenos (hiperestrogenismo). Cambios endometriales (mucometra, piómetra, hidrómetra) pueden ocasiona también este aumento de estrógenos. Se recomienda realizar ovariohicterestomía.