Es esencial realizar los pasos correspondientes para asegurarase de mantener una colección de reptiles libre de enfermedades. Un buen protocolo de cuarentena es vital en este sentido. Existen muchos parásitos internos diefrentes y agentes infecciosos endémicos en el mercado de mascotas. Tanto las importaciones de animales criados en cautiverio como los cazados salvajes traen parásitos y enfermedades infecciosas de carácter medio y grave.

Siempre se debe tener el área de cuarentena completamente incomunicada de la colección en sí. El área de cuarentena primaria debe tener terrarios bien ventilados. Esto evita que el aire se "envicie" (el aire "enviciado" ayuda a la propagación de enfermedades). De todos modos, se deben utilizar recintos semi-ventilados si existen sospechas de enfermedades altamente infecciosas, para evitar el contagio por vía aerea a terrarios adyacentes.

Reptiles recientemente adquiridos deben estar en cuarentena por, al menos, 3 meses. Usualmente, pero no siempre, si existe algún tipo de enfermedad, será evidenciada durante dicho período. Durante la cuarentena debe realizarse un análisis de sangre y de materia fecal completos por un veterinario especializado para identificar animales enfermos. Si son detectados parásitos, deben ser tratados apropiadamente y debe haber 2 exámenes fecales con resultado negativo antes de colocar al animal junto al resto de la colección. Cualquier otra afección debe ser tratada durante el período de cuarentena.

Una de las formas más importantes de minimizar y/o evitar la propagación de enfermedades es una buena higiene personal y una adecuada desinfección ambiental. Siempre lave sus manos con un buen desinfectante (el alcohol no es suficiente, lo ideal es agua y jabón Espadol o agua con lavandina o Espadol líquido) antes y después de manipular a un animal y entre ejemplar y ejemplar. Asegúrese de limpiar profundamente los recintos de cuarentena usando un desinfectante de amplio espectro. Para evitar transferir enfermedades, higienize y haga el trabajo de mantenimiento de la colección primero, y del área de cuarentena después.